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使用超声波DNA打断仪可以有效提高测序文库的构建效率

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  传统的DNA打断仪(即破碎仪)以接触式打断仪为主,在安全性、精密度、反应效率、反应边界条件和反应均匀度方面存在一定的不足,难以满足实验种类的多样性、安全性、多通道、防病毒交叉感染等要求。
 
  超声波DNA打断仪采用非接触式超声波粉碎技术,适用于具有特殊需要的反应体系,与传统接触式打断仪相比,在安全性、精密度、反应效率、反应边界条件和反应均匀度等方面均表现突出的优势,已经成为CHIP(染色质免疫共沉淀)研究平台不可缺少的标准化工具。
 
  该仪器包括:在二价阳离子、随机DNA双链结合蛋白、非离子表面活性剂和单价盐存在下,DNA分子被打断。可以有效提高测序文库的构建效率。
 
  DNA分子的双螺旋结构是两个脱氧核苷酸长链通过内部氢键形成的碱基对稳定地平行连接,碱基对之间的纵向相互作用进一步提高了DNA分子的稳定性,因此DNA分子的双螺旋结构是一种相对稳定的结构。
 
  随着高通量测序(NGS)技术的发展和成熟,其在科研、诊断和体检中的应用范围不断扩大。除了市场的扩大,测序技术本身的发展也有所放缓,制约技术扩展和应用的瓶颈逐渐显现。
 
  如今,NGS样品制备的瓶颈效应越来越明显,新的试剂和仪器不断涌现,以缩短时间,提高通量。同时,不断开发新的方法来处理较少的样品起始量等。
 
  目前常用的脱氧核糖核酸(简称DNA)分子片段化方法有四种,即DNA限制性酶切法、流体力学剪切法、超声波破碎法和喷雾雾化法,各有优缺点。
 
  长链DNA(通常称为生物染色体DNA)片段化的主要原因是短的DNA片段有利于DNA分子的快速杂交和高灵敏度的靶标检测,而片段化是NGS文库构建过程中不可避免的过程。
 
  超声波DNA打断仪器是一种基于流体力学剪切法和超声波压裂法的破碎方法,是DNA分子破碎的推荐方法。另外,由于DNA分子本身的特异性,比如甲基化修饰的程度,会改善分子本身的特性。
 
  使用力学方法,该区域将具有不同于其他区域的断裂比(概率),从而在一定程度上引入了力学中断的偏好。采用低成本非限制性内切酶法,摆脱了中断仪器的限制,建立了适用于一般分子生物学实验室和高通量NGS文库建设实验室的DNA中断方法。

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