实验案例
现在的高通量测序平台（主要是illumina）在直接测序时只能测出200bp长度的序列，因此建库方案是将DNA .片段化为200bp，然后深度测序后，后将序列拼接。我公司自主研发的非接触聚能式超声波DNA打断仪可以在不接触样品的情况下隔着EP管将细胞DNA链至打断至200bp或是更小。
实验目的：将收集的细胞DNA..片段化
样品：鼠源乳腺癌细胞4T1
人源肝癌细胞HepG2
人源耐药子宫肉瘤细胞MES-SA/DX5
实验步骤：
- 交联： 取1皿细胞（10 cm平皿），10 mL培养基中加入270 uL 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%，轻轻摇匀，37℃ 孵育10 min。
- 终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125 M。550 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。轻轻摇匀，在室温下放置5 min即可。
- 弃净培养基，用冰冷的含1 mM PMSF 的PBS清洗细胞2次，每次5-10mL。
- 加入3 ml冰冷的含1mM PMSF的PBS，细胞刮刀收集细胞于离心管中，用PBS清洗培养皿两次，收集到离心管中。
- 预冷后2000 rpm离心 5 min收集细胞。
- 新鲜配置一定体积的蛋白酶抑制剂复合物和SDS Lysis Buffer，充分混匀。
- 弃上清，加入一定体积含有蛋白酶抑制剂复合物的SDS Lysis Buffer，重悬细胞。
- 冰上放置10min。
- 开启冷循环泵，并降温至4℃以下。
- 开启超声波DNA打断仪，将程序调制循环模式，超声20s停10s。
- 启动机器至超声结束。
- 加解交联试剂65℃ 解交联4h以上，可过夜解交联。
- 将超声过的样品提取DNA. 片段。
- 1.5%-2%琼脂糖凝胶电泳15min。
- 拍照。
人源骨肉瘤细胞U2OS
